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周钢桥
2012-03-13 22:56:32   浏览次数:0  文字大小:【】【】【
欢迎来到SNP实验室

 

平台研究方向

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主要有三大研究方向:

1、中国人群复杂疾病的遗传易感性研究

针对慢性乙型肝炎、肝癌、鼻咽癌、SARS和脓毒症等复杂疾病,以基因组单核苷酸多态性(SNP)和拷贝数变异(CNV)为遗传标记,在大规模的病例-对照人群、核心家系人群和前瞻性队列人群中,采用候选基因关联研究和全基因组关联研究等策略,系统筛查和鉴定影响疾病发生风险和病程进展的基因多态性及易感基因,并评价其在疾病风险预测和早期预警中的应用前景。

2、疾病易感基因的功能和作用机制研究

针对本实验室自主发现的疾病易感基因,采用在体和体外研究手段,在分子、细胞、组织和整体动物水平上系统研究易感基因与疾病之间的关系,解析易感基因影响疾病发生、发展和预后的生物学机制;同时,在大规模的临床样本中研究易感基因的异常表达(mRNA和蛋白水平)、体细胞突变等与疾病的发生和临床表型之间的关系,为预测疾病的发生和评估疾病的临床转归提供生物标志物。

3、肝癌的整合生物学研究

以肝癌为研究对象,采用多种组学技术(如高密度基因芯片、深度测序等),获得多个层次的组学数据(包括全基因组SNP,拷贝数变异,DNA甲基化,mRNA、小RNAlncRNA表达谱,蛋白质表达谱等);基于系统生物学的思想,运用生物信息学技术,将不同类型的组学数据进行整合,分离疾病发生和进程中关键基因的分子网络,把传统的分子生物学水平型研究和组学垂直型研究结合起来,以发现疾病相关基因、疾病相关模块或通路、疾病相关的生物标志物;为疾病的发生、发展等病理过程提供更加完整和准确的描述,为疾病的风险预测、早期诊断和临床预后评估提供更佳的解决方案。

发表论文

1.    Zhang Y, Zhang H, Zhai Y, Wang Z, Ma F, Wang H, Li P, Zhang Y, Yu L, Cui Y, He F, Zhou G. A functional tandem repeats in the downstream of TERT is associated with the risk of nasopharyngeal carcinoma in Chinese population. BMC Med. 2011. In press. (IF=5.750)

2.    Zhu X, Wang Y, Zhang H, Liu X, Chen T, Yang R, Shi Y, Cao W, Li P, Ma Q, Zhai Y, He F, Zhou G, Cao C. Genetic Variation of the Human α-2-Heremans-Schmid Glycoprotein (AHSG) Gene Associated with the Risk of SARS-CoV Infection. PLoS One. 2011;6(8):e23730. (IF=4.411)

3.    Ma F, Zhang H, Zhai Y, Huang W, Zhao C, Ou S, Zhou H, Yuan W, Wang Z, Wang H, Yue W, Yu L, Li P, Xia X, Cai M, Zhang Y, Cui Y, He F, Ma Y, Zhou G. Functional polymorphism -31C/G in the promoter of BIRC5 gene and risk of nasopharyngeal carcinoma among chinese. PLoS One. 2011;6(2):e16748. (IF=4.411)

4.    Zhang H, Zhai Y, Hu Z, Wu C, Qian J, Jia W, Ma F, Huang W, Yu L, Yue W, Wang Z, Li P, Zhang Y, Liang R, Wei Z, Cui Y, Xie W, Cai M, Yu X, Yuan Y, Xia X, Zhang X, Yang H, Qiu W, Yang J, Gong F, Chen M, Shen H, Lin D, Zeng YX, He F, Zhou G. Genome-wide association study identifies 1p36.22 as a new susceptibility locus for hepatocellular carcinoma in chronic hepatitis B virus carriers. Nat Genet. 2010;42(9):755-8. (IF=36.377) 论文全文链接  论文评述链接

内容简介:国际上首项肝癌的全基因组关联研究,确证了1p36.22 UBE4B-KIF1B-PGD区域是一个全新的肝癌易感基因区域,为认识肝癌的发生发展机制提供了新的线索。论文发表后连续四周位列Nature Genetics杂志下载榜前三甲,被 Nature China作为研究亮点进行了介绍,被Hepatology等多个学术杂志引用和正面评价,被评为 2010 年度国内十大医学新闻之一。

5.    Bei JX, Li Y, Jia WH, Feng BJ, Zhou G, Chen LZ, Feng QS, Low HQ, Zhang H, He F, Tai ES, Kang T, Liu ET, Liu J, Zeng YX. A genome-wide association study of nasopharyngeal carcinoma identifies three new susceptibility loci. Nat Genet. 2010;42(7):599-603. (IF=36.377) 论文全文链接

内容简介:与中山大学曾益新院士合作,开展了鼻咽癌的全基因组关联筛查研究,发现了三个新的鼻咽癌易感基因TNFRSF19MDSIEVI1CDKN2A/2B,这些基因分别参与了TGFβJNK信号通路的调节,说明鼻咽癌的致病可能与这些信号通路的失控有关。

6.    Duan X, Yue W, Liu L, Li Z, Li Y, He F, Zhu D, Zhou G, Wang S. Single-nucleotide polymorphism (SNP) genotyping using cationic conjugated polymers in homogeneous solution. Nat Protoc. 2009;4(6):984-91. (IF=8.362) 论文全文链接

内容简介:与中国科学院化学所王树教授合作,建立了一种集合水溶性共轭聚合物(CCP)和单碱基引物延伸反应技术的新的SNP分型方法。该方法既利用了单碱基引物延伸反应具有的特异性优势,又利用了CCP具有的高效荧光共振能量转移(FRET)所产生的高敏感性的优点,使SNP的基因型分辨变得更为特异和敏感。该项研究成果对于提高SNP分型技术的效率、扩展CCP的应用范围等均有重要意义。

7.    Dong X, Zhou G, Zhai Y, Zhang H, Yang H, Zhi L, Zhang X, Chu J, He F. Association of DLC1 gene polymorphism with susceptibility to hepatocellular carcinoma in Chinese hepatitis B virus carriers. Cancer Epidemiol. 2009;33(3-4):265-70. (IF=2.056)

8.    Sun W, Zhong F, Zhi L, Zhou G, He F. Systematic -omics analysis of HBV-associated liver diseases. Cancer Lett. 2009;286(1):89-95. (IF=4.864) 论文全文链接

内容简介:应邀在Cancer Letters杂志撰写综述,系统回顾本课题组在乙型肝炎的慢性化、重症化和恶性化遗传易感基因研究领域取得的进展。

9.    Chen X, Wang H, Zhou G, Zhang X, Dong X, Zhi L, Jin L, He F. Molecular population genetics of human CYP3A locus: signatures of positive selection and implications for evolutionary environmental medicine. Environ Health Perspect. 2009;117(10):1541-8. (IF=6.191)

10. Yuan X, Zhou G, Zhai Y, Xie W, Cui Y, Cao J, Zhi L, Zhang H, Yang H, Zhang X, Qiu W, Peng Y, Zhang X, Yu L, Xia X, He F. Lack of association between the functional polymorphisms in the estrogen-metabolizing genes and risk for hepatocellular carcinoma. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2008;17(12):3621-7. (IF=4.77)

11. Qiu W, Zhou G, Zhai Y, Zhang X, Xie W, Zhang H, Yang H, Zhi L, Yuan X, Zhang X, He F. No association of MMP-7, MMP-8, and MMP-21 polymorphisms with the risk of hepatocellular carcinoma in a Chinese population. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2008;17(9):2514-8. (IF=4.77)

12. Yang X, Yang H, Zhou G, Zhao GP. Infectious disease in the genomic era. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2008;9:21-48. (IF=17.182)

13. Deng G, Zhou G, Zhang R, Zhai Y, Zhao W, Yan Z, Deng C, Yuan X, Xu B, Dong X, Zhang X, Zhang X, Yao Z, Shen Y, Qiang B, Wang Y, He F. Regulatory polymorphisms in the promoter of CXCL10 gene and disease progression in male hepatitis B virus carriers. Gastroenterology. 2008;134(3):716-26. (IF=12.032) 论文全文链接

内容简介:除病毒和环境因素外,机体遗传因素(易感基因)在慢性乙型肝炎重症化进程中也起重要作用。我们通过大规模乙型肝炎临床样本的病例-对照研究,发现了趋化因子基因CXCL10是乙肝重症化的易感基因,提示其在乙肝病程的进展中起重要作用。

14. Zhou G, Zhai Y, Cui Y, Qiu W, Yang H, Zhang X, Dong X, He Y, Yao K, Zhang H, Peng Y, Yuan X, Zhi L, Zhang X, He F. Functional polymorphisms and haplotypes in the promoter of the MMP2 gene are associated with risk of nasopharyngeal carcinoma. Hum Mutat. 2007;28(11):1091-7. (IF=7.033)

15. Zhang H, Zhou G, Zhi L, Zhai Y, Yang H, He F. Genotyping of the VNTR polymorphism in the exon 4 of the L-SIGN gene and its negative association with the risk of SARS coronavirus infection. Nat Protoc. 2007;DOI:10.1038/nprot.2007.234. (IF=8.362)

16. Zhi L, Zhou G, Zhang H, Zhai Y, Yang H, Zhang F, Wang S, Wei M, Cao W, He F. Lack of support for an association between CLEC4M homozygosity and protection against SARS coronavirus infection. Nat Genet. 2007;39(6):692-4; author reply 694-6. (IF=36.377)  论文全文链接  同行的论文全文链接1  同行的论文全文链接2  同行的论文全文链接3

内容简介:曾有学者在Nature Genetics杂志报道,在香港人群中,SARS冠状病毒的受体基因CLEC4M中的串联重复多态性(VNTR)与SARS的遗传易感性显著关联,且起着一定的保护作用。本课题组在国内多家单位的协作下,在SARS流行期间共招募了4个独立的SARS病例-对照人群(总计达945SARS患者【约占全球总病例数的12%】和1048例对照个体),在随后开展的多中心的病例-对照研究中,我们并没有发现这种遗传相关性,否证了CLEC4MSARS的遗传易感基因的结论。这一结论同时被来自香港的另一研究小组所证实。

17. Ng MW, Zhou G, Chong WP, Lee LW, Law HK, Zhang H, Wong WH, Fok SF, Zhai Y, Yung RW, Chow EY, Au KL, Chan EY, Lim W, Peiris JS, He F, Lau YL. The association of RANTES polymorphism with severe acute respiratory syndrome in Hong Kong and Beijing Chinese. BMC Infect Dis. 2007;7:50. (IF=2.825)

18. Zhou G, Zhai Y, Cui Y, Zhang X, Dong X, Yang H, He Y, Yao K, Zhang H, Zhi L, Yuan X, Qiu W, Zhang X, Shen Y, Qiang B, He F. MDM2 promoter SNP309 is associated with risk of occurrence and advanced lymph node metastasis of nasopharyngeal carcinoma in Chinese population. Clin Cancer Res. 2007;13(9):2627-33. (IF=7.338)

19. Zhai Y, Qiu W, Dong X, Zhang X, Xie W, Zhang H, Yuan X, Zhou G, He F. Functional polymorphisms in the promoters of MMP-1, MMP-2, MMP-3, MMP-9, MMP-12 and MMP-13 are not associated with hepatocellular carcinoma risk. Gut. 2007;56(3):445-7. (IF=10.614)

20. Zhai Y, Zhou G, Deng G, Xie W, Dong X, Zhang X, Yu L, Yang H, Yuan X, Zhang H, Zhi L, Yao Z, Shen Y, Qiang B, He F. Estrogen receptor alpha polymorphisms associated with susceptibility to hepatocellular carcinoma in hepatitis B virus carriers. Gastroenterology. 2006;130(7):2001-9. (IF=12.032)  论文全文链接

内容简介:以SNP为遗传标记,采用候选基因策略,通过大样本的病例-对照研究,发现了ESR1基因既是本课题组此前发现的HBV感染慢性化的易感基因,同时也是我国人群肝癌的遗传易感因素,在群体水平支持了最近引起关注的雌激素-受体轴与肝癌发生发展密切相关的科学假说。
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iQ5实时荧光定量PCR

多台ABI9700PCR仪(96/384孔)、梯度PCR

 
 

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