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杨冬

杨冬,理学博士,副研究员,硕士生导师,PI

北京市科技新星,总后优秀青年科技人才扶持对象,军队优秀专业技术人才岗位津贴获得者。

2009年博士毕业于军事医学科学院,现任军事科学院军事医学研究院生命组学研究所及北京蛋白质组研究中心、国家蛋白质科学中心(北京)进化发育蛋白质组学课题组PI

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研究方向:基于生命组学大数据,针对进化和发育相关的重要科学问题进行知识挖掘。进化和发育是最基本的两大生命动态过程,二者的结合诞生了进化发育生物学。本课题组瞄准蛋白质组学发展前沿,基于进化和发育的思想理念研究蛋白质组学,同时利用最先进的蛋白质组学技术策略研究进化发育生物学。本课题组研究方向属于基于规模化组学数据,于理论生物学层次深入进行数据挖掘和知识提炼的范畴,也涉及到组学数据产出及后期实验验证的相关实验研究,是生命组学将来发展的非常重要的方向之一。目前主要研究内容包括:1)蛋白质组构成规律及进化和发育中生物学复杂性实现规律探索;2)肝脏进化发育蛋白质组学(目前重点关注ESC肝系分化分子机制);3)进化发育生物学的医学应用。

主要成果:承担国家科技部、国家自然基金委、军队和北京市等各类课题9项;首次发现生物学复杂性因素在特定状态下选择利用规律性模式及结构域特征相关的蛋白质丰度规律性分布模式;基于C-HPP项目研究的missing protein进化特征对人类基因和染色体进化得到了新的认识;发现KAP-1形成的转录调控复合体参与红系分化负调控;基于蛋白质组学和进化生物学分析,对耐辐射奇球菌的蛋氨酸依赖性的分子基础得到新认识。系列成果发表于国际进化生物学核心杂志MBE及蛋白质组学专业杂志JPRJPProteomics等;以第一或责任作者累计发表论著20余篇;获软件著作权7项;(协助)培养研究生累计15名;获国际人类蛋白质组组织 2015年度优秀青年学者奖;作为参与人获中国电子学会电子信息科学技术进步一等奖1项;2015年被评为院科技创新人才战略工程后备人才、总后优秀青年科技人才扶持对象、北京市科技新星。

代表性论著#, 共同第一作者;*,共同通讯作者):

1.      Zhou Y#, Shen P#, Lan Q, Deng C, Zhang Y, Li Y, Wei W, Wang Y, Su N, He F*, Xie Q*, Lyu Z*, Yang D*, Xu P*High-coverage proteomics reveals methionine auxotrophy in Deinococcus radiodurans. Proteomics2017.17: 13-14.

2.      Xu A#, Li G#, Yang D#, *, Wu S, Ouyang H, Xu P*, He F*. Evolutionary Characteristics of Missing Proteins: Insights into the Evolution of Human Chromosomes Related to Missing-Protein-Encoding Genes. J Proteome Res. 2015.14(12):4985-4994.

3.      Yang D, Zhong F, Li D, Liu Z, Wei H, Jiang Y, He F. General Trends in the Utilization of Structural Factors Contributing to Biological Complexity. Mol Biol Evol. 2012. 29(8):1957-1968.

4.      Yang D, Ma Z, Lin W, Yang J, Tian C, Wei H, Jiang Y, He F. Identification of KAP-1-associated complexes negatively regulating the Ey and β-major globin genes in the β-globin locus. J Proteomics. 2013.80C:132-144.

5.      Zhong F#, Yang D#, Hao Y#, Lin C#, Jiang Y, Ying W, Wu S, Zhu Y, Liu S, Yang P, Qian X, He F. Regular patterns for proteome-wide distribution of protein abundance across species. PLoS ONE. 2012.7(3): e32423.

6.      Yang D, Deng XY, Jiang Y, He FC. Analysis of protein complexes by 2D blue native/SDS-PAGE and antibody-shift assay. A chapter of Neuroproteomics (Neuromethods) . ISBN-10: 1617791105, ISBN-13: 978-1617791109. 2011. Humana Press.

7.      Yang D, Jiang Y, He F. An integrated view of the correlations between genomic and phenomic variables. J Genet Genomics. 2009. 36(11):645-651.

 

招生信息:

本课题组常年招收博士后、博士、硕士研究生(含联合培养)、实习生专业背景要求:生物学(生物化学与分子生物学,或细胞生物学、遗传学、生物物理学、发育生物学), 数学(理论数学、应用数学、统计学、数学建模等方向均可),或计算机(偏重于数据挖掘和平台开发)。唯一的硬性要求:对进化、发育相关的科学问题或相关工具研发有浓厚兴趣。


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